1956年，国家高等教育部、第二机械工业部联合发文（[56]工密发第6号）“为适应国防建设发展的需要，经国务院批准，决定改建西北工学院为国防性质的高等学院”，“成立第三机械系（代号三系），设水雷设计及工艺（31专业）、鱼雷设计及工艺（35专业）”。

1957年，西北工学院与西安航空学院合并成立西北工业大学，第三机械系对外仍称三系，对内称“水中兵器系”。

1970年，国务院决定将国防工业院校分别划归各工业部领导，西工大归三机部，西工大水中兵器系和哈尔滨军事工程学院海军工程系归六机部（造船工业部），不久六机部决定由两系合并组建船舶工程学院，三系暂称“船舶工程学院西安部分”。

1979年，国务院国防工办发文（[79]办计字253号文件）“原西北工业大学水中兵器系划归西北工业大学建制领，由三机部主管，业务对口六机部”。

1983年，为扩大专业面向，适应国家经济发展，经三、六机部同意，学校批准，三系更名为“航海工程系”。

1989年，为深化改革，发挥西北工业大学“三航特色”，经学院校务委员会讨论通过、校长批准，在原“航海工程系”的基础上成立“航海工程学院”，成为学校当时成立最早的学院之一。

1996年，中国航空工业总公司、中国船舶工业总公司在北京签定联办西北工业大学航海工程学院协议书，并组成董事会。

2003年，正式更名为航海学院。